Seit jeher beschäftigt uns die Frage, wie die Menschen vor uns lebten. Die archäologische Sammlung des Museums antwortet auf diese Frage. Sie enthält fast 900 Objekte aus dem Havelland und Brandenburg. Die Funde stammen aus allen Epochen von der Altsteinzeit bis ins Mittelalter. Dieser Zeitraum umfasst mehr als 12.000 Jahre.

Eine kleine Pfeilspitze aus Feuerstein ist das älteste Fundstück der Sammlung. Sie gibt Auskunft über das mobile Leben der Jäger und Sammler, die in der späten Altsteinzeit im Havelland Elche und Hirsche jagten.

Zwei ungewöhnliche Gefäße aus Nauen zählen zu den jüngsten Funden. Sie bieten einen Einblick in das Leben einer havelländischen Stadt im Mittelalter.

Der archäologische Bestand Falkensees verdankt seinen Anfang dem Wirken des Museumsbegründers Fritz Müller. Auf sein Betreiben entstand Ende der 1940er Jahre eine prähistorische Sammlung. Die meisten Objekte trugen aber die Gründerväter der Museen in Nauen und Ketzin sowie ihre Nachfolger zusammen. Reste dieser Sammlungen gelangten 1974 und 1978 auf die Initiative des Falkenseer Museumsleiters Gerhard Zimmermann hierher.

Einen wichtigen Beitrag zur wissenschaftlichen Bearbeitung der Sammlung leistete in den 1970er Jahren der Arzt und ehrenamtliche Bodendenkmalpfleger Manfred Kluger. Seine Arbeiten zur Archäologie des Havellandes sind bis heute wichtige Quellen für Interessierte und Archäologen.